В музее Института геологии посетители знакомятся с удивительным миром минералов. В экспозиции «Минералогия» представлены образцы не только из Карелии, но и с Урала, Мурманской области, Сибири и др. Посетители могут увидеть и зарубежные минералы, такие, как малахит (Китай, Заир), киноварь (Киргизия), аметист (Бразилия), пикнит (разновидность топаза - Германия) и многие другие. Основой музейной коллекции послужили образцы, собранные геологами Института и других геологических организаций. Среди экспонируемых минералогических образцов не могут остаться незамеченными такие карельские минералы, как беломорит, амазонит, корунд, гранат, фуксит, аметист, карнеол–агат, берилл, пирит, самородная медь и другие, неповторимые по своему облику и окраске.

Экспозиция расположена согласно существующей классификации минералов по химическому составу и представляет следующие классы:

• Самородные элементы;
• Сульфиды и их аналогии;
• Фосфаты;
• Галогениды;
• Карбонаты;
• Сульфаты;
• Окислы и гидроокислы;
• Силикаты.

Среди наиболее интересных образцов – уникальный самородок меди, добытый из карьера в окрестностях г. Кондопога, великолепная коллекция агатов (представлены образцы из Карелии, Европейской части России и др.), чароит – поделочный камень, единственное месторождение которого находится в Якутии, барит (Южный Олений остров, Онежское озеро) и небольшой осколок железного метеорита. В коллекции имеется минеральная горка, сложенная образцами разнообразных минералов из Мурманской области. Музей располагает частными минералогическими коллекциями (коллекции Никольского О.Б, Сазонова А.А., а также Нелькина И.А. и Ефимовой С.В.), представленными замечательными друзами дымчатого кварца и горного хрусталя, монокристаллом мориона, полированными штуфами малахита, чароита, амазонита, беломорита и др.

Существенным дополнением к экспозиции служат стенды с хорошо подобранными иллюстрациями, благодаря которым посетители знакомятся с особенностями кристаллических структур минералов, их физическими и химическими свойствами (блеск, цвет, твердость и др.), морфологией (природными формами выделения минералов), а также с особенностями процессов минералообразования. Экспозиция «Минералогия» раскрывает перед посетителями таинственный мир минералов, их красоту и многообразие.